Pada dasarnya kelompok faktor yang dapat mengganggu dan mengancam keanekaragaman hayati adalah faktor alam dan faktor ulah manusia. Contoh paling nyata adalah faktor alam dan faktor manusia. Dan contoh paling jelas dari faktor alam adalah terjadinya letusan gunung berapi, seperti saat Gunung Krakatau meletus pada tahun 1883. Letusan Gunung Krakatau memusnahkan segala jenis tumbuhan dan hewan yang ada di sekitar gunung tersebut. Namun saat ini sudah ada sekitar 200 jenis tanaman baru yang tumbuh di Pulau Krakatau. Jika dibandingkan dengan pulau-pulau terdekat lainnya, tingkat keanekaragaman hayati di Pulau Krakatau masih tergolong rendah. Berbeda dengan pulau-pulau di sekitar Gunung Krakatau yang memiliki kekayaan hingga 2.000 spesies.
Hasil penghitungan kemunculan spesies baru selama 50 tahun menunjukkan bahwa hanya sekitar 1 jenis tumbuhan baru yang muncul setiap 2 tahun. Jadi, bisa dibayangkan waktu beberapa ribu tahun lebih yang dibutuhkan agar Pulau Krakatau memiliki keanekaragaman hayati yang sama dengan pulau-pulau lain di sekitar Pulau Krakatau.
Faktor lainnya adalah aktivitas manusia. Telah dikemukakan sebelumnya bahwa manusia berusaha memanfaatkan seluruh sumber daya alam untuk kelangsungan hidup dan kesejahteraan hidupnya. Namun dalam menjalankan aktivitas manusia, terkadang kita sama sekali tidak bijak. Nilai-nilai ekonomi yang terkait dengan pelestarian keanekaragaman hayati selama ini dikaburkan dengan janji keuntungan besar yang didapat tanpa mempertimbangkan kelestarian ekosistem yang ada. Rusaknya keseimbangan ekosistem dan hilangnya habitat alami menimbulkan berbagai bentuk kepunahan hewan atau penurunan keanekaragaman hayati di suatu wilayah. Dan kegiatan-kegiatan yang dapat mengancam keberadaan dan keberlangsungan kehidupan antara lain sebagai berikut.
Jenis kegiatan yang dapat mengancam keberadaan dan kelestarian keanekaragaman hayati:
- Mengubah fungsi lahan pertanian atau hutan menjadi pemukiman manusia.
- Perubahan fungsi hutan mangrove menjadi kawasan pertanian atau tambak ikan atau udang.
- Bisnis pertambangan.
- Pembukaan hutan dan penebangan hutan dalam rangka kegiatan HPH (Hak Pengusahaan Hutan) atau HTI (Hutan Tanaman Industri).
- Perburuan liar, terutama terhadap hewan-hewan langka seperti badak yang diburu untuk diambil culanya atau burung jalak balai yang hanya dijadikan hewan peliharaan. Perburuan besar-besaran yang hanya mengandalkan populasi alami juga dapat mengancam kelestarian satwa tersebut. Misalnya gajah untuk diambil gadingnya, buaya untuk diambil kulitnya, dan penyu untuk diambil daging atau telurnya.
- Penangkapan ikan dengan menggunakan bahan peledak atau racun akan menyebabkan kerusakan ekosistem terumbu karang. Dan kerusakan ini akan memberikan dampak yang sangat negatif terhadap populasi dan spesies ikan yang ada.
- Pencemaran pada umumnya disebabkan oleh kegiatan industri yang sering membuang limbah cairnya ke badan sungai yang kemudian dialirkan ke muara dan pada akhirnya mencemari lautan. Pencemaran kimia ini bersifat racun dan mengganggu kelestarian jenis tumbuhan atau hewan air di sekitarnya.
