1. Kapsul
Kapsul merupakan lapisan terluar yang menempel pada sel. Namun tidak semua sel bakteri memiliki kapsul. Lapisan ini merupakan komponen metabolit sekunder yang tersusun atas polisakarida dan air. Fungsi kapsul adalah sebagai lapisan pelindung ketika sel mengalami kekeringan dan melindungi sel dari serangan sel fagositik.
2. Dinding Sel
Dinding sel bakteri tersusun dari senyawa khusus yang disebut peptidoglikan. Ikatan rantai peptida akan langsung menghubungkan ikatan senyawa glikan sehingga membentuk lapisan rantai peptidoglikan yang kompak dan sangat kuat. Lapisan peptidoglikan sangat kuat sehingga pada bakteri tertentu lapisan ini mampu menahan tekanan osmotik sel hingga 25 atmosfer. Oleh karena itu, fungsi dinding sel adalah memberi bentuk dan melindungi sel beserta isinya.
3. Membran Sel
Membran sel bakteri bersifat permeabel selektif sehingga hanya komponen tertentu yang mampu melewati membran tersebut. Fungsi membran sel antara lain:
- Mengatur masuk dan keluarnya nutrisi dari sel
- Sebagai tempat aliran elektron, membran sel banyak mengandung enzim yang berperan dalam proses pembentukan ATP.
- Sebagai tempat berkembangnya berbagai enzim, seperti enzim ekstraseluler, enzim pembentuk metabolit polimer ekstraseluler (kapsul), dan enzim pembentuk bahan dinding sel.
4. Sitoplasma
Cairan sel ini mengandung komponen sel, termasuk materi genetik DNA dan RNA. Salah satu bidang di bidang ini adalah banyak ditemukan enzim, koenzim, dan metabolit antara yang berperan dalam metabolisme sel. Fungsinya diduga sebagai penyedia senyawa kimia yang dibutuhkan dalam metabolisme sel.
5. Inti
Inti sel bakteri (nukleoid) pada mikroskop elektron hanya tampak sebagai suatu area yang terkonsentrasi dengan bahan DNA tanpa adanya membran pembatas. Struktur DNA hanyalah untaian DNA melingkar yang ada dalam bentuk bengkok (superkoil). Sedangkan pada saat sel bakteri membelah, DNA hanya mengalami pembelahan normal dan tidak mengalami mitosis.
6. Ribosom
Ribosom merupakan organel sel yang berperan dalam sintesis protein. Ribosom juga tersebar luas di sitoplasma dan terdiri dari protein dan asam nukleat.
7. Flagela
Flagela merupakan alat gerak pada bakteri. Dan struktur ini tersusun dari senyawa protein yang disebut flagellin. Flagela muncul dari membran sel dan menembus dinding sel. Fagella akan melakukan gerakan memutar seperti gerakan baling-baling pada perahu sehingga sel dapat bergerak.
Namun tidak semua bakteri memiliki flagela. Ada berbagai jenis flagela pada bakteri dan juga dapat digunakan sebagai alat identifikasi. Jenis-jenis flagela pada bakteri adalah sebagai berikut:
- Atrikh: tanpa flagela
- Monotrich: satu flagela
- Lopotrich: banyak flagela di satu sisi
- Aphitrikh: satu flagela pada setiap kutub sel (dua kutub)
- Copotrich: banyak flagela pada setiap kutub atau ujung sel.
- Peritrich: flagela tersebar di seluruh permukaan sel.
8. Pili
Struktur ini berbentuk seperti pipa, mirip dengan flagela, namun umumnya lebih pendek, kaku dan diameternya lebih kecil serta tersusun atas senyawa protein. Selain sebagai alat penempelan pada permukaan sel target, fungsinya juga sebagai jembatan aliran bahan seks (DNA) saat konjugasi.
Struktur lain yang mirip dengan pili adalah fimbriae. Fimbriae sama dengan pili yang ukurannya lebih pendek dan banyak ditemukan di permukaan sel bakteri. Selain itu, untuk menempel pada sel target, fimbriae akan memungkinkan sel bakteri saling berikatan dengan membentuk lapisan tipis yang disebut pelikel pada media cair tempat mereka tumbuh.
9. Plasmid
Struktur ekstrakromosom ini berupa DNA sirkular yang berperan ketika sel bakteri berada pada lingkungan yang tidak menguntungkan, misalnya jika terdapat antibiotik atau senyawa beracun lainnya. Selain mempunyai hubungan erat dengan faktor kesuburan (F Plasmid), plasmid juga berperan dalam resistensi antibiotik (R plasmid).
10. Inklusi Sitoplasma
Struktur ini menjadi tempat sel bakteri mengumpulkan bahan nutrisi, seperti fosfat, karbohidrat, belerang, dan lemak. Sedangkan bakteri yang hidup di sedimen laut memiliki magnetosom yang mengandung Fe3HAI4. Vakuola gas juga terdapat pada sel bakteri laut yang berfungsi mengatur daya apung sel sehingga sel dapat mengatur posisinya pada saat fotosintesis atau menyerap nutrisi.
